Bueno, eso se puede deber por varios motivos. Voy a ver si te puedo ayudar ;)

A ver, ¿Has repunteado con Hex? Supongo que si, pero por si acaso pregunto.

El fallo puede deberse a que el worldmap tenga unas paletas distintas al worldmap del rom original. Con APE puedes cambiarle las paletas, pero tienes que encontrar la dirección de la paleta del worldmap con el VBA (el emulador). Recuerdo que había un tutorial sobre eso, pero no se donde D:

Igualmente, para que te podamos ayudar mejor, es preferible que saques un pantallazo del error, o algo así.
Y también, que digas en que rom base es (Ruby/Fire Red/etc)

Suerte, a ver si te sirve!