Pues, según sé, no hay diferencia alguna en poner las paletas de los arboles en la pal 0, en la 1, o en la 10. Lo mas probable es que luego de insertar tus tiles y sus pals, olvidaste poner "write palette changes to ROM", eso sirve para guardas las paletas en el rom, de caso contrario, sera como si no las hubieras cambiado.