Esto es tan sencillo como abrir el juego donde esta, le das a Tools>Palete View
y le das a Save OBJ.
Abras guardado todas las paletas. En un archivo, la abres con CMP, pero ¿Cual es la tuya?
Abres otra vez el emulador, y cuando aparezca la lider: Tools>Oam View, buscas a la lider, clicas para ver el numero que te da en Palette:¿¿??
A partir de ahi si por ejemplo te da la paleta 5, vamos al APE, cargamos la paleta guardada, vamos a la paleta que nos corresponde (la 5) y la editar a tu gusto.
Aunque yo cuando inserto trainers lo hago directamente desde el NSE2 introduciendo paleta y sprite del tirón.
Un saludo!