1/ Ni puta idea que significa indexado, yo lo abro con CMP(character Maker Pro), le doy a guardar y listo. (Si no te deja abrir la imagen con CMP, abrela con paint y guardala como un archivo nuevo.)

2/En principio si, los pokemon y los trainsprites son de 64x64, pero la imagen del prota en la seleccion chico/chica es de 64x96 al igual que el profesor de la intro. (Al menos eso es así en FR, no se en ruby)

3/ Pues aquí te dejo este:
http://wahackforo.com/t-8174/cambiar-al-profesor-birch-intro-por-otro-sprite Pero si teneis algun problema al seguir el tuto, os recomiendo hacer un tema especificando los pasos que habeis seguido y poniendo alguna imagen, asi seguro que os podremos ayudar.

Un saludo y espero haberos ayudado!