mira lo que pasa es que ese es un bug de la herramienta, yo tube el mismo problema y le pregunte a karatekid que pasaba, resulta que para insertar sprites en pokemons que han sido expandidos, una casilla que esta debajo de los sprites que dice fill sprite with 0xff on repoint debe estar desactivada, de lo contrario te va a borrar el sprite temporal negro que aparece en los nuevos pokemon que has puesto, y por consiguiente ya no podras meter mas pokemon.
pero hay algo mas peligroso, resulta que el bug que te mencione es que al creador se le paso un detalle, y es que cuando apretas el botón save tab, y después el botón save all, (algo comun que te pasa por error de dedo al cambiar los nombres)la herramienta te borra los sprites temporales negros aunque la casilla previamente dicha estuiera desactivada.
la unica solucion es volver a expadir los pokemons y hacerlo todo de cero, y tener mas cuidad con estos detalles,

p.d. ya le abise a karatekid de este error y ya lo soluciono solo hay que esperar que saque una nueva version de su herraminta, lo cual no deve de tardar ya que este tipo esta trabajando rapido.