Puede ser 2 cosas:
-Que usas el color de fondo en el sprite, y por eso se ve mal
( para eso abre el sprite con NSE2, o un editor gráfico, y fijate que el primer color de la paleta este usado SOLO en el fondo.)

- Que no estes guardando la paleta en el juego, por lo que solo le des a import image.
muy muy importante, que marques las 4 casillas.

POSDATA: Fijate que estes sobre la paleta adecuada, es decir, ve dandole a next pals asta que veas la que corresponde en el juego.