Eso me paso antes, debiste de tener algun error con las paletas, debiste de meterle un tileset con paletas diferentes y lo guardaste, es por eso que te pasa eso, tanto el tileset como los tiles nuevos deben tener la misma paleta, o si no lo malograras como te paso.

Pues lo unico por hacer seria usan un backup o importar las paletas y el tileset de otra ROM virgen