Probablemente estás importando un tileset con paletas distintas. O te olvidastes de guardar los cambios en las paletas.

Intenta hacerlo así:
- Abre tu plantilla de tiles y guarda tal paleta en una carpeta.
- Importa la paleta.
- Exporta tu tileset, aunque tenga errores.
- Importa los tiles al tileset.
- Importa el tileset, ya con los tiles repuestos.
- Guarda los cambios en las paletas (opcion del AMap).

Muchas veces ocurre conmigo, y lo soluciono así. Espero que sea útil.
Suerte!