Iniciado por fm~
Probablemente estás importando un tileset con paletas distintas. O te olvidastes de guardar los cambios en las paletas.

Intenta hacerlo así:
- Abre tu plantilla de tiles y guarda tal paleta en una carpeta.
- Importa la paleta.
- Exporta tu tileset, aunque tenga errores.
- Importa los tiles al tileset.
- Importa el tileset, ya con los tiles repuestos.
- Guarda los cambios en las paletas (opcion del AMap).

Muchas veces ocurre conmigo, y lo soluciono así. Espero que sea útil.
Suerte!

Hombre, tendría que rehacer mucho tiling, como repetir el paso 10 veces o así, pero lo intentaré porque el backup no me ha funcionado. Mira que quedé en subir el hack a Dropbox esta noche, y justo esta tarde me pasa esto... Bueno, intentaré eso a ver si lo arreglo xD gracias!!