Aunque nadie lo use, por la potencia que necesita el ordenador y porque no es lo mejor para los sprites con poca resolución, en Photoshop se puede indexar fácilmente, y también puedes elegir el número de colores máximo, el orden de estos, exportar dicha paleta, o forzar la aparición de algún color que sí o sí quieras que aparezca al reducir el número de colores. En Photoshop, para saber si una imágen está o no indexada, mira en las pestañitas que hay debajo de la barra superior; si pone RGB, no lo está (y si pone indexado, obviamente sí).