Esos tilesets estan en el tileset secundario y los estas acomodando en el toleset primario?
Esto pasa porque el am solo es un bloque de informacion estatica.
Carga 16x16 (un bloque) con 4 bloques de 8x8 de x coordenadas de los tilesets.
Entonces cuando tu en el am cambias de mapa a otro tileset donde el secundario es distinto, se te veran con los tiles de ese tileset secundario. (Cuestion de que el primer tileset es estatico y por ende carga los mismos tiles siempre, independientemente del numero de tileset del cual provenga)

Al grano, eso se te va a ver bien si esta acomodado en el espacio del primer tileset siempre y cuando ese mapa use ese tileset secundario. Si tu usas los tiles esos en otro mapa donde el tileset secundario es distinto, entonces ee te vera con los tiles del tileset secundario que haya en ese mapa, por la razon que te he explicado más arriba.
Asi que cada cosa en su lugar, los tiles del segundo tileset siempre en el segundo tileset, pues este tileset es dinamico.
Y las cosas del primario en el primario o secundario, pues este NO es dinamico si no estatico.

Si no sigues esa simple norma, se te verá mal.