Bueno, es relativamente sencillo.
Esta es la manera cutre, si quieres hacerlo bien te aconsejo hablar con [MENTION=12479]eing[/MENTION] xD

Veamos, lo primero es quitar el Pokémon, fácil, solo tienes que pillar uno de los Pokés que no se usa o añadir uno nuevo, y que su sprite este vacío, en plan, solo el color transparente, ¡magia, ya no se ve nada!
Y ahora, tendrás que buscar donde está la Pokéball que le sale al profesor y simplemente quitarla.