Lo que te pasa es que al parecer alteras una única ciudad y como ésta tiene paletas compartidas con muchas otras, cuando vas a ésas está todo desmontado porque en cada lugar sale el tile que pusiste en cierto lugar de la primera... esto es normal, depende de la posición de los tiles en el bloque y por cuales tiles originales susituyas los tuyos...

Lo otro debe de ser porque no has tocado su script y el script le tiene programada una ruta determinada (por ejemplo, "10 pasos a la derecha y 4 abajo"), pero has movido de lugar el inicio o disparador del script lo cual implica que para recorrer esa ruta desde ahí el personaje atraviese casas y demases. Cuando están poseídos por script (xD) creo que tienen superpoderes para atravesarlo TODO... xD

En cuanto a lo primero, simplemente analiza qué tiles aparecen en cada mapa y arréglalos de modo que no se interfieran entre sí, compartiendo los que compartan y sin usar en uno los que usas en otro con los que no compartan. Si lo analizas un poco verás.

En cuanto a lo del script no te puedo ayudar, todavía no sé hacer scripts, y el detalle es que si quieres mantener esa parte del juego tendrás que cambiar o hacer nuevo tú mismo el script de esa parte para que el profesor (o a quien pongas) pase por el debido lugar. Cuando quieras arreglar esto te recomiendo los tutoriales acerca de esto que hay en el foro (subforo Tutoriales) o la web.