Esto se debe a un detalle que tiene la memoria del juego.
Esto es:
La memoria temporal o RAM del emulador solo puede almacenar los datos de 2 tilesets, el PRINCIAL obviamente y el SECUNDARIO.
Al cambiar de ciudad lo que pasa es que hay un movimiento repentino en la memoria del tileset secundario. Dicho fallo, se puede arreglar "refrescando" la memoria al poner pausa e ir al menu.

Pero por cuestiones de estética si quieres que no se vea este tipo de cosas, asegúrate que todos los tiles del tileset secundario estén como a 7 u 8 pasos del punto donde cambies de mapa tanto como al norte como al sur y si vas horizontal, tanto de izquierda como derecha.

Espero y te pueda servir de algo.
Suerte!