Mmmm, creo que es problema de la paleta. Prueba desactivando la casilla de Exportar Paleta y si tiene una paleta diferente cambiala a traves del APE.
Creo que es ese el error, pero no estoy seguro.

EDIT: Tambien te aconsejo que en la paleta no dejes colores repetidos en negro, que pongas colores diferentes aunque no los uses, para evitar errores.