Yo creo que depende de la ROM que uses. Por lo que dices suena a una versión USA, en la que no hay tildes salvo la é de Pokémon (los ingleses no las usan xD).
Lo que puedes hacer es editar las fuentes del juego con una herramienta que, si mal no recuerdo, viene incluida en el pack de elitemap (Fonted creo que se llamaba). Ahí puedes modificar los caracteres que prefieras (hay muchos caracteres japoneses) y cambiarlos por letras con tildes.

Eso sí, cuando escribas en Advance-Text deberás tener a mano los offsets o códigos de esos caracteres que cambiaste (como si escribieras de verdad con esos caracteres japoneses) para ir poniéndolos, porque no creo que A-text los reconozca por gracia divina.

De cualquier forma, que este mensaje te sirva de orientación, porque hace mucho que no toco el FontEd y no me acuerdo de cómo se hacía exactamente. Seguro que hay algún tutorial o alguien que ya lo haya hecho.

Saludos, y suerte ;D