Eso me pasaba a mi, lo que debes hacer es:

1. Guardar cada frame como bitmap de 24 colores, de preferencia con un nombre corto (como 1.bmp)
2. En Animed exportar una frame con la paleta correspondiente.
3. Borra el bitmap que creo el programa.
4. El programa tambien creo un .pal con el nombre de la frame que exportaste, haz varias copias de esta y renombralas con el mismo nombre de las frames (por ejemplo 1.pal)
5. Con el animed importa cada frame y veras como ahora si carga las paletas correctamente.