90% seguro que se trata de una mala inserción del TileSet (Culpa de la herramienta eh! xD) por eso recomiendo NlzGba, cuando "Importas" el gráfico, ya ves si se jode o no, sin escribir en la rom y puedes cerrar el programa e intentarlo denuevo.

También puede ser un errror en el TileMap (Véase Raw) pero no creo, aún asi puedes comparar el que tienes insertado con el que debería ser :P

Resumen: Inserta todo denuevo, es algun glitch de las herramientas al trabajar con 256 colores ;)